Aux grands conciles qui se réunissent pour juger ces hérésies, l'évêque de Rome envoie toujours des légats (prêtres ou évêques) pour le représenter (les prêtres ne prennent pas part aux votes, seulement les évêques)
Pendant le ive siècle, le siège de Rome ne prend pas directement part aux principaux débats théologiques (surtout provoqués par des hérésies toutes nées en Orient : arianisme, sabellianisme, macédonianisme, apollinarisme). Aux grands conciles qui se réunissent pour juger ces hérésies, l'évêque de Rome envoie toujours des légats (prêtres ou évêques) pour le représenter (les prêtres ne prennent pas part aux votes, seulement les évêques). Souvent, des évêques et des sièges patriarchaux d'Orient en conflit interne envoient des ambassades à l'évêque de Rome pour en obtenir un arbitrage (le cas le plus célèbre est celui de S. Jean Chrysostome, patriarche de Constantinople, en butte avec une partie du clergé, avec l'empereur Arcadius, l'impératrice Eudoxie, et avec Théophile, patriarche d'Alexandrie, en appelle à Rome et obtient le plein soutien du pape S. Innocent Ier. Ainsi, malgré une apparente faible implication dans les affaires de la chrétienté orientale, le prestige de Rome est généralement reconnu en tant qu'instance non directement liée aux conflits, et par conséquent susceptible d'adopter une position non partiale ; cette implication non partisane, jointe au fait que Rome est reconnue comme la ville du martyre des apôtres Pierre et Paul, conduit nombre d'instances (empereurs et évêque d'Orient) à lui demander à plusieurs reprises l'arbitrage romain, notamment lors de la crise arienne. Au ve siècle, notamment lors des grands débats christologiques suscités par Nestorius puis par Eutychès, Rome s'implique davantage : ce sera avec le plein soutien du pape S. Célestin Ier, sollicité par S. Cyrille, patriarche d'Alexandrie, que Nestorius et le nestorianisme seront condamnés au Concile œcuménique d'Éphèse en l'an 431. Déjà ive siècle, Théodose, à son avènement, avait proclamé que la loi religieuse de tout l’empire était « la foi de l’évêque de Rome et de l’évêque d’Alexandrie ». En l'an 451, au cours du Concile œcuménique de Chalcédoine, à la lecture du Tome à Flavien, rédigé par le pape S. Léon Ier le Grand pour définir la foi catholique contre l'hérésie d'Eutychès niant les deux natures, divine et humaine, du Christ (et par conséquent niant l'union hypostatique et la communication des idiomes entre les deux natures), toute l'assemblée coniliaire, debout, acclama le pape au cri de : « Pierre vient de parler par la bouche de Léon ! » (exclamation que les notaires impériaux consignèrent dans les procès-verbaux des actes canoniques du Concile).
